ます es la forma honorífica del verbo, con tiempo presente y futuro, y su forma negativa es ません. En cuanto a por qué es ません, no sé qué pensaban los antepasados de los japoneses cuando crearon la escritura.
なぃ es la forma simplificada de ません, y no se usa ますなぃ.
El tiempo pasado de ます es ませんでした, y su forma simplificada es なかった.