Durante la Guerra Antijaponesa, la mayoría de las escuelas se trasladaron a provincias del suroeste como Sichuan, Yunnan y Guizhou. Por ejemplo, la Universidad Central, la Universidad Sun Yat-sen, la Universidad Jiaotong y la Universidad Fudan se trasladaron a Chongqing, la Universidad de Wuhan se trasladó a Sichuan, la Universidad de Zhejiang se trasladó a Guizhou y la Universidad de Pekín, la Universidad de Tsinghua y la Universidad de Nankai se trasladaron a Yunnan para formar la Universidad Asociada del Suroeste. Algunas universidades se trasladaron a las provincias del noroeste. Por ejemplo, la Universidad de Pekín, la Universidad Normal de Beiping y el Instituto de Tecnología de Beiyang formaron la Universidad Unida del Noroeste, el Instituto de Tecnología Jiaozuo se trasladó a Tianshui, Shaanxi, y la Universidad del Noreste y la Universidad de la República de China se trasladaron a Shanxi. Otras universidades se trasladaron de ciudades a condados y pueblos remotos de la provincia. Por ejemplo, la Universidad de Shanxi se mudó a Jinnan, la Universidad de Xiamen se mudó a Changting, la Universidad de Guangxi se mudó a Liuzhou, la Universidad de Anhui se mudó a Shashi, la Universidad de Hunan se mudó a Chenxi y la Universidad de Henan se mudó a Jigongshan, lo que representa aproximadamente 1/4 de las universidades nacionales. A finales de 1939, la estructura interna de las universidades estaba básicamente completa.
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