En el año trigésimo sexto del reinado Qianlong de la dinastía Qing (1771), los mongoles como Torgut y Heshuo, liderados por Wabashi, regresaron al Este desde la cuenca del río Volga en Rusia. El gobierno de Qing les dio plantas acuáticas fértiles. Se establecieron en los pastizales de Bayinbulak y la cuenca del río Kaidu.
Establecida en 1980 con la aprobación del Gobierno Popular de la Región Autónoma de Xinjiang.
En 1988, fue ascendido a reserva natural nacional.
En 2006, la Reserva Natural Nacional de Bayinbuluke fue catalogada como una de las primeras 51 reservas forestales nacionales de demostración.