El antepasado de las ballenas es Mesonychus. Los antepasados de las ballenas eran originalmente animales terrestres y luego evolucionaron gradualmente hasta convertirse en anfibios y luego se convirtieron en animales completamente acuáticos. Este proceso evolutivo comenzó hace unos 50 millones de años y evolucionaron muchas especies ramificadas.
Las ballenas no son peces, sino mamíferos. La ballena azul moderna puede alcanzar hasta 33 metros de longitud. Es el mamífero más grande y el animal más grande que jamás haya vivido en la tierra.
Dado que los antepasados de las ballenas, Mesonychus, eran ungulados, aunque hay una gran diferencia en apariencia, el pariente más cercano a las ballenas entre las criaturas modernas es el hipopótamo.
Según los fósiles que se han descubierto, la primera ballena que apareció fue la Protocetidae. Se trataba de una especie de transición que había desarrollado agujeros para respirar, pero aún tenía extremidades traseras y una apariencia extraña.