El castillo de Malburg fue construido en 1274 y está situado en la orilla noreste del río Nougat. En aquella época el castillo recibió el nombre de "Marinburg" en honor a la Virgen María, que literalmente significa "Castillo de María". El 14 de septiembre de 1309, el presidente Siegfried von Feuchtwangen trasladó la sede de los Caballeros Teutónicos alemanes a Malburg, y el castillo de Malburg se convirtió en uno de los centros más poderosos de la costa sur del Báltico en ese momento.
Durante la Guerra de los Trece Años, en junio de 1457, el ejército polaco ocupó Malbork y luego el castillo de Malbork. Durante los siguientes siglos XVI y XVII, el castillo también sufrió importantes cambios. Mantener este enorme edificio no es realmente una tarea fácil, por lo que debido a problemas de financiación, no se le ha dado un mantenimiento eficaz durante un período de tiempo. Algunas de las cuestiones que quedaron de aquella época no se han resuelto del todo hasta el día de hoy.
En 1772, Malbork fue ocupada por Prusia. Utilizaron el castillo como cuartel durante un tiempo, tiempo durante el cual se remodelaron algunas partes del castillo. Cuando las tropas de Napoleón I abandonaron Malbork, inmediatamente se pusieron en marcha los planes para restaurar el castillo. En 1816 se creó un comité para la reconstrucción del castillo de Malbork. El proyecto también se inició en 1817.
A medida que los nazis se hacían más fuertes, en mayo de 1933, la bandera del Tercer Reich ondeó sobre la torre principal del Castillo de Malburg, que una vez fue la oficina del Partido Nazi. Durante la Segunda Guerra Mundial, más de 50 personas en el castillo de Malbork fueron destruidas y en 1959 se produjo otro incendio. Posteriormente, el castillo estuvo en reconstrucción y restauración hasta 1962.