Archaeopteryx, que antes se pensaba que era el único ave descubierta en el Jurásico, fue considerado dinosaurio en 2004. De los especímenes descubiertos, se desprende claramente que Archaeopteryx tenía plumas; sus patas traseras tenían forma de dedos; sus huesos carpometacarpianos y tarsometatarsianos estaban curados y su pelvis, clavícula, pico, articulación mandibular y estructura ocular eran similares a los de las aves. Archaeopteryx tiene dientes estriados y una cola larga con vértebras caudales; la columna es bicóncava; los metacarpianos y las falanges de las alas anteriores son libres y tienen garras, el cerebro, el esternón, las costillas y las extremidades traseras son similares a las de los reptiles. Por eso se considera que Archaeopteryx es el eslabón intermedio entre los reptiles y las aves.
A excepción de Archaeopteryx, todas las demás aves pertenecen a la subclase Neoptera y sus estructuras corporales son más cercanas a las de las aves actuales. Entre ellos, algunas aves con dientes acanalados en la boca durante el período Cretácico constituyeron el suborden Odontognathus, incluido el suborden Xanthoptera y el suborden Ichthyornis. Ninguno de los otros miembros de Neopterodactyl tenía dientes reales en la boca. Comenzó a aparecer en el Cretácico y floreció en el Eoceno, con un total de 34 órdenes. En los últimos años se han descubierto algunos fósiles de aves extintas desdentadas en estratos del Cretácico, pero la mayoría de ellos se encuentran dispersos. Hay cuatro órdenes de estos nuevos mandíbulas. Encontrado en los estratos del Cretácico Superior de Alberta, Canadá, el pasto Bermuda fue nombrado familia Bermudagrass en 1940, y se reportó una segunda especie en 1971. Este orden está estrechamente relacionado con el orden Gearia y el reino animal. Gobibird fue descubierto en los estratos del Cretácico Superior de la provincia de Gobi en Mongolia y fue nombrado Gobibird en 1974. Puede ser uno de los primeros representantes de las ratites. En 1981, a partir de algunos fósiles de aves recolectados en los estratos del Cretácico Superior de América del Sur, se estableció el género Antiornis. Se creyó que su clasificación evolutiva debía ser entre cladóceros y Archaeopteryx, y se estableció el orden Antiornis. En 1982, se descubrió en Mongolia un nuevo fósil de ave del Cretácico Inferior, el bonobo, estableciendo un nuevo orden de bonobos. Algunas personas señalan que puede ser el ave más temprana con un pecho prominente, cerca de los búhos. En 1984, se descubrieron fósiles de aves en estratos del Cretácico Inferior cerca de la ciudad de Yumen, provincia de Gansu, República Popular China.
Existen muy pocos registros fósiles de aves del Cenozoico en el Terciario Inferior, y hubo un mayor desarrollo en el Eoceno y Oligoceno. Entre las ratites, sólo comenzaron a aparecer avestruces y avestruces. Hasta el momento se han encontrado cerca de 40 especies extintas. El Período Cuaternario fue un período en el que las aves fueron extremadamente prósperas. La mayoría de las especies vivas datan de este período. Las ratites se distribuyen en el hemisferio sur, pero los avestruces y representantes de avestruces se encuentran en el Medio Oriente y Europa durante el Eoceno. Se han encontrado fósiles del género Avestruz en el Mioceno en Moldavia y están ampliamente distribuidos en el Plioceno y Pleistoceno en la República Popular China (China), Mongolia, Europa y África. Se han encontrado fósiles de especies vivas durante el Pleistoceno en Mongolia, Arabia y Argelia.
También existen algunas aves con protuberancias óseas en las mandíbulas, que fueron descubiertas en la época del Eoceno-Plioceno y que se han extinguido todas. ¿Osteodontidos? Todos los representantes tienen apófisis odontoides pero no dientes dentados. Hay casi 10 géneros, distribuidos en Europa, Asia, América y África occidental.