Entonces la traducción es:
Hay un bolígrafo y dos reglas en la caja de lápices.
En la caja de lápices hay dos reglas y un bolígrafo.
Hay un bolígrafo y dos reglas en el estuche.
El verbo "be" en la estructura "there be" debe ser coherente con el sustantivo que le sigue y seguir el principio de proximidad.