Del 65438 al 0794, siguió las órdenes de su padre y entró en la Universidad de Jena para estudiar Derecho. Pero no le interesaba el derecho, aparte de realizar exámenes, dedicaba su tiempo libre a estudiar filosofía, ética, matemáticas y astronomía. En aquella época, el ambiente filosófico en la Universidad de Jena era muy activo y los pensamientos de filósofos como Leibniz, Kant y Fichte tuvieron una importante influencia en él.
Después de graduarse de la universidad en 1797, Herbart fue a la casa de un gobernador local en Suiza como tutor, enseñando lenguas clásicas, historia y ciencias naturales a tres niños de 8, 10 y 14 años. El anfitrión le pidió a Herbart que presentara un informe escrito cada dos semanas para presentar su plan de trabajo y el progreso de aprendizaje del estudiante. En el proceso de enseñar y completar informes escritos, Herbart pensó cuidadosamente en sus métodos de enseñanza, exploró cómo educar a través de la enseñanza y cómo dominar el conocimiento y cultivar el carácter mediante el cultivo del interés. Estas ideas se convirtieron en el contenido básico de su sistema teórico educativo posterior. En ese momento conoció a Pestalozzi y se convirtió en un oyente entusiasta de sus pensamientos educativos. En Burdorf, Herbart visitó los experimentos de educación de factores y enseñanza intuitiva de Pestalozzi, y conoció el objetivo de Pestalozzi de psicológicaizar la educación, lo que dejó una fuerte impresión e inspiración en Herbart. Al mismo tiempo, también vio que el pensamiento educativo de Pestalozzi carecía de cierto grado de cientificidad y lógica. En 1802, Herbart defendió su doctorado en la Universidad de Göttingen, donde enseñó filosofía y educación. Herbart entró en la época dorada de la creación en 1806 y sucesivamente completó y publicó obras importantes como "Pedagogía general" (1806), "Esencia de la metafísica" (1808) e "Introducción a la filosofía práctica" (1808). Pedagogía General es el resumen de los muchos años de experiencia docente y discusiones teóricas del autor.
En 1809, Herbart fue nombrado catedrático de Filosofía y Educación en la Universidad de Königsberg después de Kant. En aquella época, la Universidad de Königsberg buscaba un filósofo que entendiera la educación y tuviera un alto estatus académico. Con este espíritu, el rey Guillermo III escribió en un edicto imperial que permitía a Herbart trabajar como profesor de filosofía en la Universidad de Koenigingen: "Permito expresamente al profesor Herbart de Göttingen venir a nuestra universidad para enseñar filosofía. Lo aprobé. Este nombramiento llega Herbart puede desempeñar un papel útil en la mejora de nuestro sistema educativo siguiendo los principios de Pestalozzi”. Herbart está entusiasmado y honrado de recibir este puesto tan esperado. Ha trabajado aquí durante 24 años. En su discurso destacó la combinación de teoría y práctica y pidió la creación de una pequeña escuela experimental. Dijo: "En mi trabajo, enseñar teoría educativa es mi trabajo favorito. Sin embargo, este trabajo docente no es solo un trabajo altamente académico, sino también un trabajo de demostración y pasantía. También quiero ampliar mi experiencia en esta área. Por eso tengo Durante mucho tiempo quise seleccionar un pequeño grupo de niños y enseñar durante una hora todos los días, para que los jóvenes que estén familiarizados con mis métodos de enseñanza puedan venir a escuchar la clase y continuar el trabajo que he comenzado paso a paso bajo mi guía. Podemos formar profesores paso a paso y mejorar gradualmente nuestros propios métodos a través de la observación y la comunicación mutuas... Establecer una pequeña escuela experimental como la que tengo en mente es probablemente la mejor preparación para dirigir una escuela más grande en el futuro. dijo: "Construyan primero escuelas experimentales y luego escuelas ordinarias". Su sugerencia fue elogiada por mucha gente en ese momento. Herbart fundó una escuela secundaria experimental y un instituto educativo en la Universidad de Königsberg. Él mismo enseñó matemáticas, desarrolló los métodos de educación primaria de Pestalozzi y los aplicó a las escuelas secundarias. En mayo de 1823 escribió a Berlín que "su método ya se había formado" "con vistas a que algún día fuera ampliamente utilizado en las escuelas primarias". Al mismo tiempo, también participó en la formación de profesores.
Durante este período publicó "Libro de texto de psicología" (1816), "Psicología científica" (1824), "Colección de comunicaciones sobre la aplicación de la psicología en la educación" y otras obras.
1833 Herbart solicitó volver a enseñar en la Universidad de Göttingen. En sus últimos años escribió el "Programa de Pedagogía" (1835). En este libro revisó una vez más sus principios educativos, vinculando más claramente las teorías educativas elaboradas en la pedagogía general con sus teorías psicológicas. Completó sus estudios de psicología en 1840 y murió de una enfermedad aguda en 1841 a la edad de 65 años.