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Cuando la memoria física requerida por una aplicación es insuficiente, el sistema operativo general generará un archivo de intercambio temporal en el disco duro y ocupará el archivo. El espacio como memoria virtual. El programa de administración de memoria virtual lee y escribe con frecuencia en el disco duro, generando una gran cantidad de fragmentos, que es la principal causa de la fragmentación del disco duro.
Otras configuraciones, como archivos temporales o directorios de archivos temporales generados por el navegador IE al navegar por información, también causarán una gran cantidad de fragmentación en el sistema. La fragmentación de archivos generalmente no causa problemas en el sistema, pero demasiados fragmentos de archivos harán que el sistema mire hacia adelante y hacia atrás al leer archivos, lo que reducirá el rendimiento del sistema e incluso acortará la vida útil del disco duro. Además, una fragmentación excesiva del disco también puede provocar la pérdida de archivos almacenados.