La escuela secundaria Chongqing Fudan se fundó en 1935. En 1937, pasó a llamarse escuela secundaria afiliada a la Universidad de Fudan. En 1954, pasó a llamarse escuela secundaria Chongqing No. 12. En 1995, el nombre de la escuela. fue restaurado.
En mayo de 2023, la escuela secundaria Chongqing Fudan * * * tiene dos campus y 316 profesores y personal. Ha sido calificada como una unidad avanzada en educación e investigación científica en Chongqing y una unidad civilizada en Chongqing.