En la actualidad, los primeros grandes simios conocidos se encuentran en Chad, al sur del desierto del Sahara. En esta etapa, los grandes simios todavía necesitaban vivir en los bosques, por lo que el desierto actual era un bosque hace 89 millones de años. De hecho, el clima ha sufrido muchos cambios dramáticos a lo largo de millones de años desde que los humanos evolucionaron a partir de los grandes simios. Los llamados grandes cambios han hecho que el medio ambiente en varios lugares haya cambiado mucho. El actual desierto del Sahara también ha experimentado muchas épocas de forestación y desertificación.
No hables tanto, solo habla del período interglacial que estamos viviendo los humanos. Después del final de la Edad del Hielo, la Tierra entró en el Holoceno y las temperaturas globales comenzaron a aumentar, mucho más que las temperaturas actuales. El Sahara era árido durante el Holoceno temprano, pero durante los dos mil años alrededor del 7000 a. C., el clima en el norte de África se volvió muy húmedo y las masas de agua en esta área eran mucho más grandes de lo que son hoy. Por ejemplo, el lago Chad tenía una superficie de 400.000 kilómetros cuadrados en su apogeo, que era más grande que el actual mar Caspio, y su nivel de agua era unos 30 metros más alto que el actual. En muchas partes del desierto del Sahara hay humedales, praderas y bosques, donde viven muchos animales salvajes y muchos humanos.
El clima en esta zona comenzó a secarse gradualmente alrededor del año 5000 a.C., pero todo el Sahara permaneció húmedo hasta aproximadamente el siglo 39 a.C. El período comprendido entre el siglo 70 a. C. y el siglo 39 a. C. se denomina Período del Sahara Verde y es también la última etapa de reverdecimiento del Sahara. Durante este período, los humanos incluso desarrollaron una civilización agrícola en lo que hoy es el Sahara, que pudo haber sido la civilización agrícola más desarrollada del mundo en ese momento. Los petroglifos de este período encontrados en Sudán reflejan la prosperidad del Sahara Verde en ese momento.
En la década de 1930 a.C., el clima seco finalmente dio lugar al desierto del Sahara. Alrededor del año 3400 a. C., el desierto del Sahara estaba tan seco como lo está hoy y la mayor parte del área se había desertificado. Las personas que alguna vez vivieron en las verdes tierras del Sahara se han retirado a algunas zonas de valles y oasis dispersos. Entre ellos, el pueblo que se retiró a la cuenca del río Nilo finalmente desarrolló la civilización del antiguo Egipto y entró en el período dinástico alrededor del siglo 32 a.C. El desierto del Sahara ya era muy grande en esta época.