El tramo medio va desde la Puerta de Hungría hasta el desfiladero de la Puerta de Hierro en los Cárpatos, en el sur de Rumanía. Desde la Puerta de Hierro hasta la parte baja del estuario triangular del Mar Negro.
El río Danubio tiene una densa red y numerosos afluentes, con más de 300 afluentes, 192 de los cuales tienen más de 20 kilómetros de longitud, y 34 afluentes son navegables. Los principales afluentes en la margen derecha del tramo superior incluyen el río Ile, el río Leahy, el río Isar, el río Inne, el río Lauter Si y el río Enes. Los principales afluentes en la margen izquierda son: el río Naboo y el río Reagan; los principales afluentes en el tramo medio son el río Delaware, el río Sava y el río Big Morava en la margen derecha, y en la margen izquierda están el río Morava, el río Va y Heron. Río y río Tisza. Los principales afluentes aguas abajo son el río Oort, el río Siret y el río Prut en la margen izquierda. Ver mapa de drenaje de la cuenca del río Danubio.
El río Prut se origina a unos 50 kilómetros al suroeste de Koromeye en el sur de Ucrania, fluye hacia el sureste a lo largo de la frontera entre Rumania y Moldavia y finalmente se une al río Danubio cerca de Galati, Rumania. El río tiene una longitud total de 950 kilómetros, una superficie de drenaje de 27.000 kilómetros cuadrados y un caudal medio de 70 metros cúbicos por segundo a lo largo de los años.
El río Siret nace en el sur de Ucrania, a unos 50 kilómetros al suroeste de Chernivce. Fluye de norte a sureste y se une al Danubio cerca del Niágara Romano. El río tiene una longitud total de 710 kilómetros, una superficie de drenaje de 48.000 kilómetros cuadrados y un caudal medio de 400 metros cúbicos por segundo a lo largo de los años.
El río Ort se origina en la parte noreste del condado de Hargita, Rumania, fluye de norte a sur y se une al Danubio cerca de Turnos-Mogulele. El río tiene una longitud total de 740 kilómetros, una superficie de drenaje de 24.000 kilómetros cuadrados y un caudal medio anual de 1,60 metros cúbicos por segundo.
El río Veliko Morava nace en la unión de las provincias serbias de Kosovo y Macedonia. El río fluye de sur a noroeste y se une al Danubio cerca de Smederevo. El río tiene una longitud total de 540 kilómetros, una superficie de drenaje de 37.000 kilómetros cuadrados y un caudal medio anual de 232 metros cúbicos por segundo.
El río Sava se origina en la unión de Italia, Austria y Eslovenia. El río fluye hacia el sureste a través de Eslovenia, Croacia, Bosnia y Herzegovina, Yugoslavia y otros países, y se une al río Danubio cerca de Belgrado. La longitud total del río es de 940 km, el área de drenaje es de aproximadamente 96.000 km2 y el caudal medio anual es de 1.772 m3/s. Entre ellos, el río Drina es el afluente más grande. La longitud total del río es de 346 km. el área de drenaje es de 1.97 km2 y el caudal promedio anual es de 371 m3/s.
El río Tisza nace en los Cárpatos orientales, en la unión de Ucrania y Rumanía, y fluye a través de Ucrania, Rumanía, Eslovaquia, Hungría, Yugoslavia y otros países. La longitud total del flujo de agua es de 992 kilómetros y el área de drenaje es de aproximadamente 6.543.805 kilómetros cuadrados. El río Mures en la margen izquierda es el principal flujo vertical.
El río Drava nace en Italia, cerca de la frontera italo-austriaca al norte, fluye hacia el sureste, atraviesa Austria, Eslovenia, Hungría y Croacia, y finalmente se une al río Danubio a 20 kilómetros al este de Osijek. Croacia. La longitud total del flujo de agua es de 749 kilómetros y el área de drenaje es de unos 40.200 kilómetros cuadrados. El caudal medio anual es de 653 metros cúbicos por segundo.
El río Va nace cerca del monte Babia, en la frontera entre Eslovaquia y Polonia. Fluye de norte a suroeste y se une al Danubio cerca de Comanos. La longitud total del río es de 367 kilómetros, con un desnivel total de 556 metros. La superficie de la cuenca es de 11.600 kilómetros cuadrados, con una escorrentía media anual de 4.900 millones de metros cúbicos.