Casi 10 horas después del incidente, estalló un tiroteo entre los secuestradores y la Unidad de Armas y Tácticas Especiales y el Equipo de Operaciones Especiales del Distrito de Policía de Manila de la Policía Nacional de Filipinas. Los secuestradores fueron asesinados a tiros después de más de una hora de combates. El incidente duró 12 horas y terminó en un derramamiento de sangre. De los últimos 15 rehenes tomados como rehenes, 8 murieron y 7 resultaron heridos.
El incidente provocó tensiones en las relaciones entre Filipinas, la República de China y la Región Administrativa Especial de Hong Kong. El gobierno de Hong Kong emitió una alerta negra de viaje hacia Filipinas a las 21:45 de la noche del incidente, que aún no ha sido levantada.