Era la única hija legítima superviviente del rey Jaime V. Su padre murió cuando ella tenía seis días y la nombró reina de Escocia. Su madre, María de Guisa, sirvió como regente y su hija fue coronada nueve meses después.
En 1558, se casó con el príncipe heredero de Francia, Francisco, quien ascendió al trono francés en 1559 y se convirtió en Francisco II. Sin embargo, María no permaneció como reina por mucho tiempo; quedó viuda el 5 de diciembre de 1560.
Tras la muerte de su marido, Mary regresó a Escocia y llegó a Leith el 9 de agosto. Cuatro años más tarde, se casó con su primo, Lord Henry Stuart Darnley. Su unión no fue feliz y, en febrero de 1567, Darnley fue encontrado muerto en el jardín de Kirk Oldfield después de una explosión masiva en la casa.
Pronto se casó con James Hepburn, cuarto conde de Bothwell, a quien muchos consideran el asesino de Darnley. Tras un levantamiento contra la pareja, María fue encarcelada en el castillo de Loch Leven el 6 de junio de 2005 y obligada a abdicar del trono en favor de su hijo de un año, Jaime VI. Después de un intento fallido de recuperar el trono, María huyó a Inglaterra y buscó protección de la prima de su padre, la reina Isabel I, que esperaba heredar su reino. Sin embargo, debido a las amenazas de María, a quien muchos católicos ingleses consideraban la gobernante legítima de Inglaterra, Isabel ordenó su arresto.
Tras estar encarcelada durante un largo tiempo en Inglaterra, fue acusada de participar en tres complots para asesinar a Isabel y ascender al trono inglés, y fue juzgada y ejecutada por traición.