La isla Huangyan está rodeada por un arrecife anular de entre 0,5 metros y 3 metros sobre la superficie del agua. El perímetro del arrecife tiene 55 kilómetros de largo y cubre un área de 150 kilómetros cuadrados. El arrecife es un triángulo rectángulo isósceles, con una laguna interna con una superficie de 130 kilómetros cuadrados y una profundidad de agua de 10 a 20 metros. La isla Huangyan se desarrolla en una cuenca marina de 3.500 metros de profundidad y es parte de un enorme pico submarino en la llanura abisal que emerge del agua. Hay un canal de 400 metros de ancho en el extremo sureste de la laguna de la isla Huangyan conectado con el mar abierto. Este canal tiene de 9 a 11 metros de profundidad y de 360 a 400 metros de ancho.
Hay arrecifes dispersos. expuesto alrededor del atolón y la superficie de los arrecifes. El tamaño es generalmente de 1 a 4 metros cuadrados. Los bloques de arrecifes en los extremos norte y sur son los más densos. El del extremo norte se llama Beiyan y el del extremo sur se llama Nanyan. Nanyan es una de las enormes rocas que emergen del mar en la placa del arrecife. Tiene la forma de un gran pilar de piedra, con una superficie superior de unos 3 metros cuadrados y una altitud de 1,8 metros.