El antiguo filósofo griego Aristóteles utilizó el método del contraste de caracteres para distinguir cosas, como clasificar los animales de sangre caliente en una categoría para distinguirlos de los animales de sangre fría. Coloca a los animales en un orden bien estructurado, dando la idea de una escalera natural.
A finales de 17, el botánico británico Ray describió las especies de plantas conocidas en ese momento como géneros y especies. Su libro "Nuevos métodos de investigación de plantas" fue el resumen más completo de Linneo sobre clasificación de plantas. También se propuso la "esterilidad híbrida" como criterio para distinguir especies.
La taxonomía moderna nació en el siglo XVIII, y su fundador fue el botánico sueco Linneo. Linneo resolvió dos problemas clave para la taxonomía: el primero fue establecer un sistema binomial en el que a cada especie se le asignaba un nombre científico compuesto por dos sustantivos latinos, el primero representaba el género y el segundo representaba el nombre de la especie. El segundo es establecer una jerarquía. Linneo dividió la naturaleza en tres reinos: plantas, animales y minerales. En el mundo de los animales y las plantas existen cuatro niveles: clase, orden, género y especie, estableciéndose así un sistema jerárquico de clasificación.
Cada especie pertenece a un determinado sistema de clasificación, ocupa una determinada posición de clasificación y puede recuperarse mediante elementos de secuencia. Linneo aplicó por primera vez el sistema de clasificación a plantas y animales en Flora publicado en 1753 y Systema Naturalis publicado en 1758. Estas dos obras clásicas marcaron el nacimiento de la taxonomía moderna.
Linneo creía que las especies no cambian, y su sistema natural no tenía concepto de parentesco, en el que se ordenaban seis clases de animales en el orden de mamíferos, aves, anfibios, peces, insectos y gusanos. Lamarck puso patas arriba este sistema al revés y lo catalogó como un sistema evolutivo de abajo hacia arriba. También dividió a los animales en vertebrados e invertebrados, método que todavía se utiliza en la actualidad.
Debido a que las opiniones evolucionistas de Linneo no fueron reconocidas en ese momento, tuvo poco impacto en la taxonomía. No fue hasta la publicación de "Sobre el origen de las especies" de Darwin en 1859 que la idea de evolución se implementó en la taxonomía, y quedó claro que el estudio de la taxonomía consiste en explorar las relaciones genéticas entre los organismos, por lo que la El sistema de clasificación se convirtió en genealogía biológica. Nació la taxonomía sistemática.