Dos semanas después de terminar la guerra, fue detenido por el 8.º Ejército de Estados Unidos y posteriormente juzgado como criminal de guerra en Manila. Fue acusado de ordenar la Marcha de la Muerte de Bataan, que resultó en la tortura y la muerte de 40.000 prisioneros aliados. Todas las pruebas muestran que esta orden fue dada por el teniente coronel Masanobu Tsuji del campo base por desprecio extremo hacia él, el comandante saliente. Sin embargo, Douglas MacArthur aún ordenó la orden en abril de 1946 para vengar su fracaso en Filipinas. El día 3 se ordenó fusilarlo en las afueras de Manila. Los abogados defensores estadounidenses creen que la sentencia de Honma es injusta. El juez asociado de la Corte Suprema de Estados Unidos, Frank Murphy, protestó por el veredicto contra Honma, argumentando que corría el riesgo de reducir la decisión del tribunal a una purga sangrienta de represalia, llevando a la gente a la locura después de la guerra. Masaharu Honma es considerado un excelente teórico militar, pero carece de mando y control reales. Aunque fue uno de los dos hombres que derrotaron a MacArthur (el otro fue el chino Peng Dehuai), en realidad se le consideraba un general no calificado en el ejército japonés.