En el mismo año en que Lin Qingye fue reinstalado, la dinastía Qing invadió Corea del Norte, conocida en la historia como la Rebelión Bingzi. Lin Qingye mantuvo Baima Mountain City para luchar contra el ejército Qing, bloqueando al ejército Qing al norte de la línea de defensa de Baima Mountain City y, al mismo tiempo, solicitó refuerzos de la corte coreana. Sin embargo, el ministro de Corea del Norte, Jin Zidian, quiso aprovechar los logros militares de la dinastía anti-Qing y bloqueó las noticias sobre los refuerzos de Lin Qingye, lo que condujo a la exitosa marcha del ejército Qing hacia el sur.
Poco después, el ejército Qing se acercó a Seúl, la capital de Corea del Norte, y el rey Injo de Corea del Norte huyó a la ciudad montañosa de Namhan en busca de refugio. El ejército Qing volvió a rodear la ciudad montañosa de Namhan y Joseon Injo se rindió fuera de la ciudad, firmó un tratado de paz con la dinastía Qing y se convirtió en un estado vasallo de la dinastía Qing. En ese momento, Lin Qingye recibió un edicto del rey Qin de la corte imperial y dirigió su ejército a la ciudad montañosa de Nanhan para rescatarlo, e incluso mató al sobrino de Huang Taiji, Yaochui. Sin embargo, Corea del Norte se rindió antes de llegar a Namhansanseong. Aunque Huang Taiji se enteró de que Lin Qingye mató a su sobrino, Huang Taiji admiró el noble comportamiento de Lin Qingye de proteger a su familia y a su país y perdonó la pena de muerte de Lin Qingye. Lin Qingye lamentó que si tuviera al menos 20.000 soldados en lugar de sólo 3.000, lideraría la Expedición al Norte para atacar Shengjing (Shenyang), la capital de la dinastía Qing, y el resultado de la guerra sería diferente.