El papel de las bacterias en el océano es muy complejo. Las bacterias en el océano no sólo pueden descomponer varios cadáveres de animales y plantas, heces y otras partículas orgánicas, y descomponer la materia orgánica en materia inorgánica, sino que también pueden utilizar la materia inorgánica que "producen" para regenerar diversas materias orgánicas. Algunas bacterias son capaces de realizar la fotosíntesis, como las cianobacterias.
Microcystis
Existe una cierta relación entre los tamaños individuales de los comederos y las presas en el anillo alimentario de los microorganismos de los ecosistemas marinos. Normalmente, un consumidor sólo puede ingerir organismos de aproximadamente 1/10 de su propio tamaño. Las bacterias son el alimento directo de muchos animales. Pueden ser presa de muchos zooplancton microscópicos, como los flagelados, que a su vez son presa de protozoos más grandes (principalmente ciliados). Los ciliados también son un alimento importante para el zooplancton de tamaño mediano, como las pulgas de agua y los gusanos flecha. entrar en la red alimentaria epizoica. Esta relación alimentaria se denomina "bucle alimentario microbiano".
Existe una estrecha relación entre los anillos alimentarios microbianos y las cadenas alimentarias clásicas.