Además de su sede en Heidelberg, Alemania, EMBL tiene varias sucursales en Europa: Hinxton en el Reino Unido, Grenoble en Francia, Hamburgo en Alemania y Monterotondo en Italia. Entre ellos, el Instituto Británico de Bioinformática EBI (Instituto Europeo de Bioinformática) estableció la Base de datos avanzada de secuencias de nucleótidos (EMBL-DNA) en 1982, que se puede utilizar para la recuperación de secuencias de nucleótidos y consultas de similitud de secuencias. Esta base de datos, junto con GenBank en Estados Unidos y DDBJ*** en Japón, constituye una base de datos internacional global de ADN. En los últimos años, las bases de datos se han desarrollado rápidamente y la cantidad de datos ha aumentado exponencialmente. Con una buena atmósfera académica de apertura e innovación, el EMBL se ha convertido en la institución de formación básica en investigación y educación en biología molecular más importante y central de Europa.
EMBL ha logrado muchos avances científicos importantes, entre los que Forhad y Eric Wieschaus realizaron el primer análisis genético sistemático del desarrollo embrionario de Drosophila. Basándose en este trabajo, ellos y el genetista estadounidense Edward B. Lewis recibieron el Premio Nobel de Fisiología/Medicina en 1995. La investigación de los tres científicos sobre genética del desarrollo es de gran importancia para abrir la puerta a los secretos genéticos del desarrollo humano y aplicarlos al diagnóstico de enfermedades humanas.