La cromatografía por electroforesis capilar utiliza un tubo capilar como canal de separación, que se llena con una solución tampón coloidal. El analito es una partícula cargada. Según la diferencia de movilidad eléctrica, se forma un campo eléctrico de alto voltaje. Se utiliza como fuerza impulsora para lograr la separación y el análisis de partículas cargadas. Incluyendo electroforesis capilar de flujo libre, electroforesis de zona capilar, etc.
La cromatografía líquida de alto rendimiento utiliza líquido como fase móvil y utiliza un sistema de infusión de alta presión para bombear disolventes individuales con diferentes polaridades o disolventes mixtos, tampones y otras fases móviles en diferentes proporciones a un cromatógrafo equipado con Una fase estacionaria, después de que cada componente de la columna se separa, ingresa al detector para su detección, realizando así el análisis de la muestra.
Diferencias: objeto de separación, columna de separación, fase móvil, fase estacionaria (medio de soporte), la primera tiene un campo eléctrico de alto voltaje, y la segunda tiene una bomba de infusión de alto voltaje.
Similitudes: ambos se realizan en medio solución.