"に" es más complicado. Dependiendo de la conjugación del siguiente verbo, puede indicar ya sea el punto de partida o el punto de llegada.
El significado de estas dos frases es casi el mismo. Tienes que traducir la diferencia así:
Yokohama está muy cerca de Tokio. Yokohama está muy cerca de Tokio.
Yokohama y Tokio están muy cerca de Tokio a Yokohama.