Endo Yasuhito fue seleccionado por primera vez para la selección japonesa después del Mundial de Corea y Japón de 2002. En 2006 participó en el Mundial de Alemania como centrocampista principal. El 20 de agosto de 2003, Yasuhito Endo marcó un gol en un partido amistoso entre Japón y Nigeria, ayudando al equipo a ganar 3-0. Este fue también su primer gol con la selección nacional. Endo Yasuhito jugó 12 veces con la selección japonesa en este partido de clasificación para el Mundial. Sólo fue sustituido a mitad de camino y marcó tres goles.
El 20 de noviembre de 2002, Japón VS Argentina representó por primera vez a la selección nacional. Sin embargo, aunque ya ha sido convocado 38 veces para la selección nacional, nunca ha podido clasificarse para el Mundial.
Después de ganar el premio al Futbolista Asiático del Año en 2009, Endo Yasuhito se lamentó: "Para mí, jugar bien al fútbol significa ser responsable de mí mismo, del equipo y del país. Sin esta norma moral, no soy digno "Siempre ha estado ansioso por contribuir al país y también se le ha dado la oportunidad de mostrar su talento en la Copa del Mundo de 2010 en Sudáfrica. En el Mundial, contra Dinamarca, Endo Yasuhito anotó directamente con un tiro libre con la derecha desde 27 metros en el minuto 30, ayudando a la selección japonesa a tomar una ventaja de 2-0. En la tanda de penaltis contra Paraguay fue el primero en lanzar el penal, pero Yuichi Komano falló el penal y la selección japonesa se perdió entre los ocho primeros.
Partidos en selecciones nacionales: 133 veces, goles: 10