El matrimonio de María con Bothwell pronto se volvió impopular entre la nobleza escocesa. Se sorprendieron al descubrir que podía casarse con un hombre acusado de matar a su exmarido y acabaron lanzando un ejército contra ella. Al ejército de Mary y Bothwell se unieron 26 hombres, el Señor de Carbery Hill, pero ninguna batalla fue abandonada como el ejército de Mary. A Bothwell se le permitió irse, pero Mary fue encarcelada en el castillo de Lough Leven. María, por supuesto, no quiso ir a la cárcel y se vio obligada a renunciar al trono y entregar la soberanía del país a su hijo menor, el rey Jaime VI. Mary finalmente escapó de Loch Leven con la ayuda de George Douglas, hermano del propietario del castillo, Sir William Douglas. Reunió un ejército y trató de recuperar su trono, pero fue derrotada y huyó a Inglaterra, con la esperanza de unirse a su prima, la reina Isabel I. María esperaba que Isabel pudiera ayudarla a recuperar el trono de Escocia, e Isabel no estaba de humor para ofrecerle a María. cualquier amabilidad y apoyo similares. Isabel se había opuesto a que María se casara con Darnley porque María no la había consultado. Además, se desconocen los verdaderos sentimientos de Isabel hacia María, pero tan pronto como María llegó a Inglaterra, Isabel investigó las acusaciones de María, pero finalmente llegó a una conclusión política, convirtiendo al protestante * * * en el líder, y María también en el límite. El deseo de María por el trono inglés comenzó a extenderse. El asesinato del regente del rey James, el conde de Moray, y una rebelión en el norte de Inglaterra encabezada por condes católicos llevaron a Isabel a creer que María podría ser una amenaza. Esto no se debió al descubrimiento de la conspiración de Lidofi. El duque de Norfolk planeaba liderar el ejército español para instalar a María en el trono inglés. Después de la ejecución de Norfolk, se presentó un proyecto de ley en el Parlamento para prohibir que María se convirtiera en reina.
Sin embargo, las conspiraciones no cesaron, y cada conspiración sucesiva fue cuidadosamente planeada por los católicos, entronizados a través de la católica Virgen María. El Parlamento aprobó la Ley de Asociaciones, que establecía que cualquiera que se beneficiara de una conspiración contra la Reina también podría enfrentarse a la ejecución. Cuando Francis Walsingham descubrió la conspiración de Babington, se dio cuenta de que si podía conectar a la Virgen María con la conspiración, podría ser ejecutada. Walsingham ideó un escenario para engañar a María comunicándose con un conspirador. Mary expresó su apoyo por el asesinato de su prima en un mensaje secreto, con la esperanza de que eso la liberaría para convertirse en católica en Inglaterra.
Mary le había permitido comenzar a conspirar contra 1586. 10 Elizabeth Walsingham había comenzado a arrestar a los conspiradores antes de que arrestaran a Mary. Mary intentó arrestarla porque no vio pruebas en su contra y no era un inglés que pudiera ser condenado por traición, pero por supuesto su defensa recayó en oídos de su prima. María fue declarada culpable el 25 de octubre de 65438, e Isabel firmó la sentencia de muerte el 25 de febrero de 1587. María fue decapitada el 8 de febrero, pero ni siquiera pudo encontrar la dignidad.