Gracias por esperar.
Normalmente las personas que llegan tarde dirán algo aunque aún no hayan llegado. Además, si llega tarde, generalmente asumirá que llegará tarde, por lo que se lo avisará con antelación. No te pierdas este paso.
Si la relación es especialmente estrecha, puedes utilizar la siguiente frase:
Liberar (ごめん) y curar (まった?)
Lo siento, tienes he estado esperando por un tiempo