Orígenes
La estructura esquelética de la cabeza y el cráneo de los pterosaurios fósiles ha sufrido grandes cambios debido a la adaptación al vuelo. No existe una descripción de sus ancestros directos. Actualmente no sabemos mucho sobre los antepasados de los pterosaurios. Debido a la estructura de sus tobillos, los pterosaurios se consideran parientes cercanos de los dinosaurios. Actualmente existen varias teorías relacionadas, entre las que las más populares en los últimos años son la del Archaeopteryx con cuello de pájaro, parecido a un teleostosaurio, o el dinosaurio prosaurópodo, parecido al Salovesaurus.
Debido a que no se ha demostrado que los pterodáctilos hayan evolucionado adaptaciones para la vida arbórea, se cree que su camino evolutivo hacia el vuelo es diferente al de las aves, que "descienden de los árboles". La mayoría de los planes sugieren que los pterodáctilos evolucionaron a partir de animales terrestres de patas largas, como los teleostosaurios o saroveiosaurios, los cuales tenían membranas cutáneas que se extendían desde las patas traseras hasta el cuerpo o la cola. Estos estudios sugieren que los pterosaurios evolucionaron para volar "desde cero" o escalando acantilados.
En 2008, un estudio demostró que los primeros pterosaurios eran pequeños animales que vivían en los árboles y se alimentaban de insectos.
Filogenia y clasificación
Históricamente, la clasificación científica de los pterodáctilos ha sido muy difícil debido a las numerosas lagunas en su registro fósil. Muchos nuevos descubrimientos llenan estos vacíos. Tradicionalmente, los pterodáctilos se dividen en dos subórdenes:
? Plienger (1901): grupo de pterodáctilos primitivos, muchos de ellos con colas largas y falanges cortas en las alas. Son pequeños y tienen dedos aptos para trepar. Aparecieron a finales del Triásico y duraron hasta el final del Jurásico. Los pterosaurios eran un grupo unido, y los pterosaurios evolucionaron a partir de ellos, no de dos. Por lo tanto, a medida que aumentan las investigaciones sobre la clasificación por parentesco, este término rara vez aparece en la literatura científica.
? Plinninger (1901): Un pterosaurio más diverso con una cola más corta y largas falanges en las alas. Aparecieron en el Jurásico Medio y se extinguieron durante el evento de extinción Cretácico-Terciario.
Extinto
En general, se cree que la competencia de los madrugadores llevó a la extinción de muchos pterosaurios. A finales del Cretácico, sólo se encontraron pterosaurios grandes. Las especies más pequeñas se extinguieron y fueron reemplazadas por aves. La extinción del final del Cretácico acabó con los dinosaurios, los pterosaurios y muchos otros animales. Otros creen que la mayoría de los pterodáctilos vivían en el océano. Entonces, cuando este evento de extinción afectó gravemente la vida marina de la que dependían los pterosaurios para sobrevivir, los pterosaurios se extinguieron. Hay muy pocos pterosaurios pequeños en el registro fósil.