JHH es uno de los centros de diagnóstico y tratamiento de tumores pancreáticos más grandes de los Estados Unidos y completa más de 200 casos de pancreaticoduodenectomía cada año. John L. Cameron, MD, exjefe de cirugía de JHH, fue el primer cirujano del mundo en realizar 1000 pancreaticoduodenectomías. El director de gastroenterología, páncreas e hígado (servicio biliar) es Charles J. Yeo M.D (ha sido transferido a profesor jefe de cirugía en el Kimmel Cancer Center de la Universidad Thomas Jefferson). Otros expertos conocidos incluyen a Dana Anderson, Frederic E. Eckhauser, Martín Makary, etc.
JHH es también la cuna de la neurocirugía mundial. La neurocirugía cuenta con múltiples centros de tratamiento y puede tratar enfermedades como la esclerosis lateral amiotrófica (ELA), aneurismas, tumores cerebrales, enfermedades cardiovasculares y cerebrovasculares, epilepsia, esclerosis múltiple, neurofibromas, enfermedades neuroinmunes, etc. Hay centros de tratamiento separados para cada enfermedad. Cada año, la FDA aprueba una gran cantidad de nuevos medicamentos clínicos que se suministran por primera vez a pacientes en hospitales de renombre como el Johns Hopkins Hospital. Al mismo tiempo, alberga la base de investigación de neurocirugía más grande de los Estados Unidos, y en el Hospital Johns Hopkins se llevan a cabo una gran cantidad de ensayos clínicos realizados por compañías farmacéuticas multinacionales. Cada año, una gran cantidad de nuevos medicamentos de neurocirugía pasan los ensayos clínicos de fase III y presentan solicitudes de comercialización a la FDA.