Perdón por las molestias.

Lamento el problema... (No hace falta decir que el problema que te causé... no es necesario.)

Lamento el problema que causé...

Lamento haberte causado tantos problemas...

Para ser más amigable, puedes agregar "terrible" antes de la palabra "lo siento":

Por ejemplo

Lamento mucho el problema.

Perdón por molestarte

Perdón por ofenderte