Existen dos visiones sobre la evolución de los organismos virales.
Primero, los virus evolucionaron a partir de bacterias. La razón es que los virus no tienen estructura celular y no pueden completar actividades fisiológicas ni reproducirse (autorreplicarse). Sólo los virus no pueden sobrevivir por sí solos, por lo que no podrían haber aparecido antes de que aparecieran organismos celulares como las bacterias. Por tanto, los virus sólo pueden aparecer como parásitos después de la aparición de organismos celulares. En otras palabras, el precursor del virus es parásito en los organismos celulares. Durante su vida parásita a largo plazo, estos organismos pierden gradualmente su estructura celular y dependen únicamente de las células huésped para sobrevivir.
La otra es que los virus aparecieron antes que las bacterias, y las bacterias evolucionaron a partir de los virus. La razón es que los virus tienen una estructura simple y son los organismos más simples, por lo que deberían ser los primeros organismos. Una vez que aparece el virus, depende de los nutrientes del medio ambiente para sobrevivir. Durante el proceso de supervivencia a largo plazo, el virus desarrolló gradualmente una estructura celular y evolucionó hasta convertirse en un organismo celular.
Actualmente predomina la primera visión.