Las siete facultades de la Universidad de Rochester ofrecen más de 175 programas de licenciatura, maestría y doctorado, que incluyen óptica, música, medicina, biología, física cuántica, economía, ciencias políticas, psicología e informática. Hysmans School of Music ha sido calificada como la mejor escuela de música de los Estados Unidos por U.S. News durante muchos años consecutivos. Clinical and Research 2021 ocupó el puesto 16 y 34 respectivamente en los Estados Unidos. La dirección de investigación de la visión por computadora se encuentra entre las cinco primeras en el ranking CSRanking de EE. UU. en 2019. El Instituto de Óptica es uno de los tres principales centros ópticos de Estados Unidos.
La Universidad de Rochester goza de una gran reputación en Estados Unidos. En 2020, "U.S. News and World Report" ocupó el puesto 29 entre las mejores universidades de los Estados Unidos, y la música, la óptica y las finanzas se encuentran entre las mejores. Otras especialidades como ciencias políticas, física, ingeniería biomédica, economía, enfermería, psicología clínica, informática, química, biología y salud pública también gozan de gran reputación en el mundo académico. Ocho profesores y ex alumnos de la escuela ganaron premios Nobel y 12 académicos ganaron premios Pulitzer.