Incluyendo a los secuestradores, un total de 2.996 personas murieron en este ataque[3]. La gran mayoría de las víctimas son civiles, incluidos ciudadanos de más de 90 países diferentes. Además, el forense determinó que al menos una persona murió por enfermedad respiratoria debido a la exposición al humo del colapso del World Trade Center.[4] En respuesta al ataque, Estados Unidos lanzó la "Guerra contra el Terrorismo", invadió Afganistán para destruir a los talibanes que albergaban a terroristas de Al Qaeda y aprobó la Ley Patriota de Estados Unidos. Otros países también han fortalecido la legislación antiterrorista y ampliado los poderes de aplicación de la ley. Algunas bolsas de valores estadounidenses cerraron la semana posterior a los ataques y sufrieron grandes pérdidas cuando se reanudó la negociación de acciones, particularmente en las categorías relacionadas con la aviación y los seguros. En el ataque se destruyeron espacios de oficinas por valor de miles de millones de dólares, lo que provocó graves daños económicos al bajo Manhattan.
La parte dañada del Pentágono fue limpiada y reparada en un año. En el suroeste, se construyó el Parque Conmemorativo de las Víctimas del Pentágono. También ha comenzado la reconstrucción del sitio original del World Trade Center. En 2006, se completó un nuevo edificio de oficinas en el sitio de la Fase 7 del World Trade Center. En este lugar se está reconstruyendo la primera fase del World Trade Center. El edificio reconstruido, conocido como Freedom Tower, tiene 541 metros (1,776 pies) de altura. Se espera que esté terminado en 2065 y se convertirá en uno de los edificios más altos de América del Norte. Originalmente se planeó completar los otros tres edificios entre 2007 y 2012, pero se retrasaron por algún motivo.
Este incidente es la segunda vez que Estados Unidos es atacado por aire desde que Japón utilizó "globos bomba" transportados por hidroaviones y grandes submarinos para atacar a Estados Unidos durante la Segunda Guerra Mundial. También fue la segunda vez en la historia que una fuerza extranjera causó muchas bajas a Estados Unidos después del incidente de Pearl Harbor. El número total de personas que murieron en el incidente del 11 de septiembre fue 593 más que las 2.403 personas que murieron en Pearl Harbor.