Durante el Período de los Reinos Combatientes, Qin estableció el condado de Liyan en el condado de Yanchi, que junto con el condado de Wushi fue el comienzo del sistema administrativo de Ningxia.
Después de que Qin Shihuang unificó China, implementó un sistema de prefecturas y condados y se afilió al condado de Beidi. A principios de la dinastía Han, el condado se llamaba Yan Yan.
Durante el período de los Tres Reinos, Yanchi perteneció a Zhao Qian, Zhao posterior, Qin anterior y Qin posterior.
En el año 407 d.C., Helianbobo, la tribu de sangre de hierro de los Xiongnu, estableció el Reino Xia, con Yanchi como su interior.
Después de que la dinastía Wei del Norte unificara el norte, se estableció el condado de Xi'an, con Yanchi bajo su jurisdicción.
La dinastía Wei Occidental cambió Xi'an por Yanzhou.
En la dinastía Zhou del Norte, Yanchi pertenecía al condado de Wuyuan, Yanzhou. En la dinastía Sui, el condado de Wuyuan fue abolido y cambiado a condado de Yanchuan, con Yanchi bajo su jurisdicción. En la dinastía Tang, el condado de Yanchuan se cambió a Yanzhou. Durante este período, el condado de Wenchi estaba ubicado en el Fuerte Hui'an, al suroeste del condado de Yanchi, y perteneció sucesivamente a Lingzhou y Weizhou.
En el año 553 d.C., la dinastía Sui llamó condado de Yanchuan y lo cambió a Yanzhou. Durante la dinastía Song del Norte, fue uno de los 22 estados del Reino Xixia. En 1443, se estableció el campamento de té de Huama y, en 1913, se estableció el condado de Yanchi.
En la dinastía Yuan, Yanzhou se fusionó con Zhou Huan. En el octavo año de la dinastía Ming (1443), se estableció el campamento de Mahuachi en el actual Yanchi, y durante el período Chenghua, se construyó la ciudad de Mahuachi (hoy condado de Yanchi). En el sexto año de Hongzhi (1493), se cambió a Mahuachi Shou Qianhu, y en el segundo año de Zheng De (1507), se cambió a Ningxia Shou.
Durante el período Yongzheng de la dinastía Qing, los Guardias Abandonados pasaron a llamarse prefecturas y condados, y los Guardias de Ningxia pasaron a llamarse Lingzhou Huamachi, que pertenecía a Gansu Shuofang Road (también conocida como Ningxia Road).
Después de la fundación de la República de China, Huamachi pasó a llamarse Condado de Yanchi en el segundo año de la República de China (1913). En ese momento, las fortalezas de Hui'an, Yanji, Jining y Mengcheng que originalmente estaban bajo la jurisdicción de Lingzhou también pasaron a estar bajo la jurisdicción del condado de Yanchi.
La provincia de Ningxia se estableció en 1929 y administraba el condado de Yanchi.
En 1936, el Ejército Rojo de Trabajadores y Campesinos de China liberó a Yanchi y estableció un régimen de trabajadores y campesinos (también conocido como soviético), que luego fue cambiado a un régimen democrático antijaponés y Pertenecía a la división trilateral de la región fronteriza de Shaanxi-Gansu-Ningxia. En ese momento, la provincia del Kuomintang Ningxia estableció el gobierno del condado de Yanchi en el fuerte Hui'an, que administraba el fuerte Hui'an y el fuerte Meng, que habían sido abandonados por el Ejército Rojo poco después de la liberación, creando una situación en la que coexistían dos condados de Yanchi.
Durante 1947, el Kuomintang Chiang Kai-shek atacó la región fronteriza de Shaanxi-Gansu-Ningxia, y Ningxia Ma Hongkui envió tropas para cooperar y ocupó la mayor parte del condado de Yanchi. Por lo tanto, cuando el gobierno del condado de Yanchi de la región fronteriza de Shaanxi-Gansu-Ningxia se mudó al distrito de Liyuan en la zona montañosa del sur del condado, el gobierno del condado de Yanchi de Ningxia también se mudó al condado de Yanchi.
En agosto de 1949, la región fronteriza de Shaanxi-Gansu-Ningxia recuperó el Yanchi (lo había restaurado una vez antes en julio de 1947 y se retiró sólo un mes después). El gobierno del condado de Yanchi regresó a la sede del condado desde la zona montañosa.
En septiembre de 1949, Ningxia fue liberada, se estableció la República Popular China, se abolió la región fronteriza de Shaanxi-Gansu-Ningxia y terminó la coexistencia de 13 años de los dos condados de Yanchi. En 1951, la provincia de Ningxia fue abolida y fusionada con la provincia de Gansu, y el condado de Yanchi quedó afiliado a la Región Autónoma Hedong Hui de la provincia de Gansu.
En 1955, la Región Autónoma Hui de Hedong se transformó en Prefectura Autónoma Hui de Wuzhong, y el condado de Yanchi quedó afiliado a esta prefectura.
En 1958, se estableció la Región Autónoma Hui de Ningxia, y el condado de Yanchi quedó directamente bajo la región autónoma.
El distrito de Yinnan se estableció en 1972 y el condado de Yanchi está afiliado al distrito de Yinnan.
En 1998, el área de Yinnan se cambió al nivel de prefectura de Wuzhong.