Mucho tiempo después, Gurado nació del magma subterráneo, Kyogre apareció en la profunda trinchera y Rayquaza se formó en la capa de ozono. Rayquaza flota en la capa de ozono y ocasionalmente llega al Sky Pillar para tomar un descanso. Gurado y Kyogre expanden el continente y el océano respectivamente. Dos Pokémon súper antiguos finalmente se encuentran, iniciando una feroz batalla por el dominio en el mundo Pokémon. Rayquaza finalmente puso fin a la batalla, permitiendo a Gurado y Kyogre regresar a sus respectivas cuevas. Para evitar que los dos Pokémon ultraantiguos volvieran a despertar, se crearon orbes rojos y azules que se guardaron en el volcán Shenshen. En aquella época, los sueños aparecían en cantidades considerables en todo el mundo. Además, ha aparecido un tipo de mosaico en el mundo Pokémon. A medida que Regichicas se movía entre tierras, se formaron varias áreas, formando el sitio de candidatura olímpica alrededor de la montaña Tianguan. Durante este movimiento, apareció una montaña dura en el noreste de Shen'ao, que nació del magma y se unió a Dolan. Arceus creó el alma de jade del diamante, el alma de jade del jade blanco y el alma de jade del platino, y luego se quedó dormido.
Muchos años después, entramos en la era prehistórica, cuando existían todo tipo de Pokémon. Los arqueólogos han confirmado que estos Pokémon se distribuyen en todos los continentes y hoy se han fosilizado y contienen genes de Pokémon. Durante este tiempo, la cantidad de sueños posibles comenzó a disminuir y aparecieron más tipos de Pokémon en el mundo. Además de los Pokémon, hay humanos en el mundo Pokémon.
En la Edad de Piedra, Edad del Hielo y Edad del Hierro aparecieron Regirock, Regice y Regischiru respectivamente. Fueron escondidos en Fengyuan y utilizados como llave para desbloquear el sello de Reji Chikas en el Templo Qifeng.
Hace 1500 años, los primeros métodos de escritura aparecieron en las ruinas de Aruf, las ruinas de Ascana y las ruinas aleatorias. Los arqueólogos no están seguros de si los tótems desconocidos o esta forma de escritura aparecieron primero, pero está claro que existe alguna conexión entre los dos. Durante este período, la población de Magikarp cambió repentinamente, convirtiéndose en el Pokémon más vulnerable. En los tiempos modernos, hace 700 años, la Torre de Hierro Lingling y el Campanario de 9 pisos se construyeron uno tras otro en Zhuyuan. Las dos torres simbolizan la amistad entre Pokémon y humanos, así como la esperanza de vivir juntos. La vista desde lo alto de la torre es espectacular. La torre oeste es el campanario que despierta a los Pokémon, mientras que la torre este es donde descansan los Pokémon. Se dice que en ese momento, un enorme Pokémon plateado vivía en lo alto del campanario, y el campanario de enfrente era el hogar del Rey Fénix con los colores del arco iris. Sin embargo, hace 150 años, un rayo cayó sobre la torre del reloj y un feroz incendio ardió durante tres días y sólo se extinguió después de un fuerte aguacero. Lugia y el Rey Fénix escaparon del desastre y luego Lugia se fue a vivir a las Islas Remolino. En aquella época se celebró la primera Liga Pokémon. En los tiempos modernos, los investigadores han creado el primer dragón Pokémon 3D artificial.
Hace unos años, los humanos clonaron Superdream a partir del gen Dreamland. Escapó del control humano y destruyó la Casa Pokémon en la Isla del Loto Rojo. Poco después, una erupción volcánica en la isla Honglian destruyó muchas áreas de la isla. Además, los líderes del Equipo Fuego y Flota de Agua despiertan a Gurado y Kyogre, lo que hace que peleen nuevamente, lo que nuevamente es sofocado por Rayquaza.
En los tiempos modernos, los lugares sagrados han comenzado a enfriarse debido a cambios anormales en el medio ambiente. La Organización Galaxy oponente usa Red Chain para que el Dios del Lago convoque a Dialga, Palkia y Chelatedina. El plan del Team Galaxy fracasó debido a la interferencia del protagonista. En ese momento, había una grieta espacio-temporal en la cima de la montaña Tianguan, que también era la entrada al mundo anormal. Redina y Qili, el líder del Equipo Galaxy, entraron en el mundo anormal, y el posterior cierre de esta entrada restableció la paz en la tierra de Deep Ao.
El Grupo Plasma, encabezado por n, está activo en Estados Unidos.
Kuiqisi usó la leyenda fundadora de He Zhong para presionar en todas partes. En la superficie, quería liberar Pokémon, pero en realidad estaba gestando una conspiración más grande. Y N conquistó Zekrom o Reshiram por sus propios ideales. Después de derrotar al campeón Alder, el héroe despertó a otro Pokémon único en el castillo de N con la ayuda de ocho entrenadores del dojo de He Zhong para detener a N a tiempo, pero los pensamientos extraños detrás de N quedaron expuestos. Su verdadero rostro. Debido a las acciones del protagonista, Quechis fue arrestado y N voló a Zekrom o Reshiram. Con la ayuda de este héroe, Interpol arrestó formalmente a los restos de la Organización Plasma y la tormenta de He Zhong amainó.
Dos años después, el Grupo Plasma se dividió en dos facciones. Quekis lideró el equipo de plasma en un intento de congelar a He Zhong con el poder de Kyurem, pero luego fue detenido por el protagonista y N. Quekis, quien combinó a Kyurem con Zekrom B2 o Reshiram W2. Al final, Kyurem fue sometido por el héroe y He Zhong fue rescatado de la crisis.
Durante este período, el equipo flash local en Carlos planeó usar la "última arma" para cambiar el mundo. Despertando así a Xerneas o Yveltal. Después de que el protagonista los somete, Fladali, el descendiente de Aziz, el rey de Kalos hace 3.000 años, y líder de Flare, usa Pokémon que pueden realizar una megaevolución para evitar que el protagonista abandone la base secreta de Flare. Al final, el protagonista se proclamó campeón, volvió a Miares y fue elogiado. Aziz y Mosekti se reencuentran. Carlos está fuera de peligro.