FlexX es un algoritmo de acoplamiento flexible, rápido y preciso que tiene en cuenta muchas conformaciones de moléculas de ligando durante el acoplamiento. FlexX primero selecciona una parte central de la molécula del ligando y la acopla al sitio activo del receptor, y luego conecta los fragmentos restantes mediante un método de búsqueda de árbol. La función de evaluación de FlexX adopta la función mejorada de energía libre de enlaces [4][5]. El algoritmo de acoplamiento de FlexX se basa en una estrategia de construcción paso a paso y se divide en los siguientes tres pasos: el primer paso es seleccionar un grupo conector del ligando, llamado grupo central; el segundo paso es colocar el; grupo central en el sitio activo. En este momento, no se consideran otras partes del ligando; el último paso se llama construcción, y la molécula de ligando completa se construye agregando gradualmente otros grupos al grupo central ya colocado. FlexX tarda unos 3 minutos en acoplar una molécula de fármaco típica, lo que indica que se puede utilizar para búsquedas en bases de datos tridimensionales de tamaño mediano. Además, debido a que utiliza funciones empíricas de energía libre de unión para la evaluación, los resultados pueden ser mejores que los basados; sobre funciones de evaluación de energía de interacción. Por tanto, FlexX es un método de diseño de fármacos muy prometedor.