La matrícula para estudiantes de posgrado académicos es de 8.000 yuanes por año, y la matrícula para estudiantes de posgrado profesionales generalmente es de más de 10.000 yuanes. , en su mayoría entre 12.000 y 15.000 yuanes. Todas las tasas de matrícula se pagan en una sola suma. Las tasas de matrícula para la especialización en Ingeniería Logística de la Universidad Southwest Jiaotong son diferentes a las de otras especialidades.
Las tasas de matrícula de las maestrías académicas tienen un límite máximo en todo el país. En 2013, el Ministerio de Finanzas, la Comisión Nacional de Desarrollo y Reforma y el Ministerio de Educación emitieron conjuntamente las "Opiniones sobre la mejora del mecanismo de inversión para la educación de posgrado", proponiendo que a partir del semestre de otoño de 2014, se cobrarán tasas de matrícula. para todos los estudiantes de posgrado de nuevo ingreso incluidos en el plan nacional de matrícula de posgrado. En principio, la beca anual para cada estudiante de posgrado no excederá los 8.000 yuanes.