La hidrólisis de las moléculas HA0 en dos cadenas polipeptídicas, HA1 y HA2, es un requisito previo para determinar la infectividad del virus. La composición de aminoácidos del sitio de escisión de la proteína HA de cada subtipo de virus es diferente. Por ejemplo, el sitio de escisión de las proteínas HA de los virus H1, H2 y H3 humanos tiene un solo residuo de arginina (R). La proteína HA de algunos otros virus, especialmente el sitio de escisión de la proteína HA del virus de la influenza aviar, tiene varios aminoácidos básicos. Según una investigación sobre las proteínas HA aviares H5 y H7, se descubrió que el sitio de escisión de las proteínas HA virales no patógenas contiene de 1 a 2 aminoácidos básicos, y su secuencia es R-X-X-R/K (X son otros aminoácidos no alcalinos básicos residuos de aminoácidos); y el sitio de escisión de la proteína HA patógena consta de al menos 4 residuos de aminoácidos básicos, con la secuencia R-E-R-R-R-K-K-R.
No es necesario añadir tripsina exógena cuando el virus de la gripe humana se aísla y se cultiva en embriones de pollo, porque la proteasa producida por las células del tejido del embrión de pollo puede hidrolizar la proteína HA0 del virus, volviéndolo infeccioso. Sin embargo, cuando se utilizan animales mamíferos para cultivar células (como MDCK), es necesario agregar tripsina exógena para ayudar en la hidrólisis de las moléculas virales de HAO. HEF es la única glicoproteína de superficie del virus de la influenza C. Tiene funciones como unirse a receptores, mediar en la fusión de membranas y enzimas que destruyen receptores. HEF contiene 655 aminoácidos, que se hidrolizan en dos cadenas polipeptídicas, HA1 y HA2, que están conectadas por enlaces disulfuro. La secuencia de HEF es bastante diferente a la de las proteínas HA de los virus tipo A y B, pero su número de residuos de cisteína es cercano al de la proteína HA, por lo que se especula que su estructura tridimensional es similar a el de la proteína HA.