El Instituto de Medicina Tradicional China de Chongqing fue fundado en julio de 1930. Su predecesor fue el Instituto Experimental Industrial Central establecido en Nanjing por el Ministerio de Industria y Comercio del Kuomintang. Después del estallido de la Guerra Antijaponesa, se mudó a Chongqing.
En 1946, se creó el Laboratorio Nacional de Investigación de Medicamentos, que formó el prototipo del Instituto de Medicina Tradicional China. Después de la liberación, basándose en los ricos recursos de la medicina tradicional china en la región suroeste y la demostración de expertos, se determinó la dirección de la investigación científica de especializarse en la "casa del tesoro de la medicina tradicional china".
En enero de 1957, pasó a llamarse Instituto de Medicina Tradicional China del Suroeste, afiliado a la Academia China de Ciencias Médicas, y se convirtió en la primera institución de investigación científica especializada en investigación de medicina tradicional china en el país.
En 1963, pasó a estar bajo la dirección del Departamento de Salud Provincial de Sichuan y se le denominó Instituto Provincial de Medicina Tradicional China de Sichuan.
Después de que Chongqing estuvo directamente bajo la jurisdicción de Chongqing en 1997, el Instituto de Medicina Tradicional China de Sichuan pasó a estar bajo la jurisdicción de la municipalidad de Chongqing. El 7 de mayo de 1998, pasó a llamarse Instituto de Medicina Tradicional China de Chongqing. Ahora es una institución adjunta a nivel de oficina directamente dependiente de la Comisión Municipal de Ciencia y Tecnología de Chongqing.
En 2009, con la aprobación del Comité Editorial Municipal de Chongqing, se añadió la marca "Museo de Medicina Tradicional China de Chongqing" y se implementó un modelo de gestión y operación de un equipo y dos marcas.