La escuela se fundó en 1956 y se trasladó a Chongqing desde la Primera Facultad de Medicina de Shanghai (ahora Facultad de Medicina de Shanghai de la Universidad de Fudan). Anteriormente se conocía como Facultad de Medicina de Chongqing y pasó a llamarse Universidad Médica de Chongqing en 1985.
La escuela se encuentra entre el primer lote de instituciones aprobadas por el Comité de Títulos Académicos del Consejo de Estado con derecho a otorgar títulos de doctorado y maestría, y el primer lote de bases de demostración para estudiar en China aprobado por el Ministerio de Educación.
En 2015, la escuela se convirtió en una universidad aprobada por el Gobierno Popular Municipal de Chongqing, la Comisión Nacional de Salud y Planificación Familiar (anteriormente Comisión Nacional de Salud y Planificación Familiar) y el Ministerio de Educación. se convirtió en una de las primeras instituciones en establecer el proyecto “Programa de Introducción de Talento de Innovación Académica Universitaria” ("Plan 11") una de las universidades locales.