Actualmente, la Universidad de Lyon incluye 11 ramas o facultades (11 facultades públicas y escuelas de élite como la Universidad de Lyon 1, la Universidad Saint-Otta, la Escuela Normal de Lyon, el Politécnico Central de Lyon, etc.) y 1 científica Institución de investigación (Lyon, Centro Nacional Francés de Investigación). La Universidad de Lyon tiene como objetivo promover la educación superior y la innovación en la investigación científica en Lyon y Saint-Otta, y convertirse en un modelo de educación superior en Europa y el mundo. La Universidad de Lyon, segundo centro educativo y de investigación científica de Francia, cuenta actualmente con 120.000 estudiantes, entre ellos 5.000 estudiantes de doctorado y 12.500 estudiantes internacionales. Dispone de 220 laboratorios públicos y otorga 1.000 títulos de doctorado cada año.
La principal alianza universitaria de Europa: Universidad de Bristol, Grupo Coimbra, Universidad de Edimburgo, Universidad de Lyon, Universidad de Montpellier, Universidad de Poitiers, Universidad de Heidelberg, Universidad de Göttingen, Universidad de Jena, Universidad de Würzburg , Universidad de Leiden, Universidad de Ginebra, Universidad de Groningen, Universidad Católica de Lovaina en los Países Bajos, Universidad de Lovaina en Francia, Universidad de Aarhus, Universidad de Uppsala, Universidad de Barcelona, Universidad Heber, Universidad Wilhelm Universidad de Neuse, University College Dublín, Universidad Nacional de Irlanda Galway, Universidad Loránd, Universidad de Turku, Universidad de Siena, Universidad de Bolonia, Universidad de Padua, Universidad de Praga, Universidad Carolina, Universidad de Coimbra, Universidad Aristóteles, Universidad de Iasi, Universidad de Estambul, Universidad de Graz, Universidad de Granada, Universidad de Pavía, Universidad de Jaquelen, Universidad de Salamanca, Universidad de Tartu.