Deng Jiaxian nació en el condado de Huaining, provincia de Anhui, en 1924 en una familia de eruditos. Al año siguiente, siguió a su madre a Beijing y creció junto a su padre, profesor de filosofía en la Universidad de Tsinghua y la Universidad de Pekín. Ingresó a la escuela primaria a la edad de 5 años y sentó una buena base en la cultura china y occidental bajo la dirección de su padre. En 1935, fue admitido en la escuela secundaria Zhicheng y se convirtió en el mejor amigo de Yang Zhenning, que estaba dos clases por encima de él y su vecino en la Universidad de Tsinghua. Deng Jiaxian estuvo profundamente influenciado por el movimiento patriótico de salvación nacional en el campus. Después de la caída de Peiping en 1937, participó en secreto en reuniones antijaponesas. Por disposición de su padre, siguió a su hermana mayor a Kunming, la zona trasera, y fue admitido en el Departamento de Física de la Southwest Associated University en 1941.