Ya cuando Senju Hashirama (la primera generación de Huo Ying) y Uchiha Asahara Shoko establecieron Konoha, Uchiha Asahara Shoko compitió con la primera generación por el puesto de líder de Konoha y fue derrotado. Sin embargo, es imposible que el clan Uchihiro se rinda por completo a Konoha. En la segunda generación, para consolidar mejor su gobierno, la segunda generación estableció una agencia de servicio secreto, el Departamento Secreto. Para hacer que el clan Uchichiha fuera aún menos confiable, el clan Uchichiha no tuvo tiempo para resolverlo. Más tarde, encabezada por el padre de Uchiha Itachi, la familia volvió a ser reaccionaria. Uchiha Itachi ha sido un espía entrenado por Konoha desde que era un niño y ha estado trabajando para Konoha. Aunque se convirtió en un espía enviado por Uchihiro (por lo que se convirtió en un agente doble), Uchiha Itachi era esencialmente una persona amable. Después de varias batallas sangrientas, Uchiha Itachi odiaba la guerra. No quería que su pueblo se involucrara en sangrientas batallas a gran escala por el resurgimiento, por lo que tuvo que cumplir las órdenes de los altos mandos de la industria maderera.
De hecho, este pedido fue alcanzado por Danzo y dos consultores senior. Aunque la tercera generación no estuvo de acuerdo, no pudo hacer nada para detenerlo. Después de que Uchiha Itachi aniquilara a la tribu, se arrodilló y le pidió a la tercera generación que protegiera a Sasuke. Dejó Konoha con el odio y la incomprensión de todo el pueblo y de su hermano menor.