En 1654, Newton ingresó en la Royal Kings School, a una docena de kilómetros de casa. La madre de Newton esperaba que se convirtiera en granjero, pero Newton no tenía intención de hacerlo y le encantaba leer. A medida que crecía, Newton se aficionó cada vez más a leer, meditar y realizar pequeños experimentos científicos. Mientras estudiaba en King's Royal School, vivió en la casa de un farmacéutico, lo que lo expuso a experimentos químicos.
Desde los 12 hasta los 17 años, Newton estudió en Kings Royal School, y su firma se puede ver en el alféizar de la ventana de la biblioteca de la escuela. Abandonó la escuela y regresó al pueblo de Elshore en junio de 1659+00 porque su madre viuda quería que Newton se convirtiera en granjero. Aunque Newton siguió los deseos de su madre, la agricultura lo hacía bastante infeliz, según sus compañeros.
Afortunadamente, Henry Stokes, el director de King's Royal School, convenció a la madre de Newton y Newton fue enviado de nuevo a la escuela para completar su educación. Completó la escuela secundaria a la edad de 18 años y recibió un informe de graduación perfecto.