De 1943 a 1939, la escuela Chengzhi se trasladó al sur con la universidad y pasó a formar parte de la escuela secundaria afiliada a la Universidad Nacional Asociada del Suroeste.
En 1946, regresó a Peiping para reanudar sus estudios, que se dividieron en secundaria y primaria.
En 1952, el departamento de secundaria de la escuela Chengzhi se fusionó con el departamento de secundaria de la escuela secundaria afiliada a la Universidad de Yenching y pasó a llamarse escuela secundaria afiliada a la Universidad de Tsinghua.
En 1951, con el fin de formar cuadros obreros y campesinos para convertirlos en nuevos tipos de intelectuales, se estableció la Escuela Secundaria Express de Trabajadores y Campesinos de la Universidad de Tsinghua.
En 1958, la escuela secundaria Workers and Peasants Express afiliada a la Universidad de Tsinghua se fusionó con la escuela secundaria afiliada a la Universidad de Tsinghua.
En 1960, la escuela secundaria afiliada a la Universidad de Tsinghua se expandió a la escuela secundaria afiliada a la Universidad de Tsinghua, agregando una escuela secundaria y convirtiéndose en una escuela intermedia completa.
En 1978, se estableció la Segunda Escuela Intermedia Afiliada de la Universidad de Tsinghua (sólo escuela secundaria, en la que se inscriben algunos hijos de profesores y personal de la universidad).
En 1984, la escuela secundaria afiliada a la Universidad de Tsinghua dejó de funcionar como escuela secundaria y un pequeño número de clases de educación especial de la escuela secundaria se mantuvieron en la escuela secundaria. El Segundo Departamento de la Escuela Secundaria Afiliada a la Universidad de Tsinghua es responsable de educar a los hijos de todos los maestros de Tsinghua en el nivel de escuela secundaria.
En 1986, la Segunda Escuela Intermedia Afiliada de la Universidad de Tsinghua pasó a llamarse Segunda Escuela Intermedia Afiliada de la Universidad de Tsinghua.
A finales de 1994, la escuela secundaria afiliada a la Universidad de Tsinghua y 47 escuelas intermedias en las zonas montañosas del norte establecieron conjuntamente la sucursal de la escuela secundaria de Tsinghua (División de escuelas superiores).
En 2002, la escuela secundaria afiliada a la Universidad de Tsinghua, el Instituto de Investigación Shenzhen Tsinghua y la escuela primaria Tsinghua establecieron la Escuela Experimental Tsinghua Shenzhen en Shenzhen.
En 2003, se estableció la escuela secundaria afiliada a la Universidad de Tsinghua, administrada de forma privada y financiada por el gobierno. Es el principal responsable de la educación obligatoria de los niños de segunda generación en la universidad y recluta estudiantes de la sociedad.
En agosto de 2004, la escuela secundaria Tsinghua obtuvo la certificación de calidad ISO9001.
En 2009, se estableció el Departamento Internacional de la Escuela Secundaria Tsinghua.