Esto depende principalmente de la estructura del propio almidón. El almidón es un polvo blanco amorfo compuesto de amilosa (10-30%) y amilopectina (70-90%). La amilosa se puede disolver en agua caliente sin convertirse en una pasta, mientras que la amilopectina es insoluble en agua. Cuando el agua caliente reacciona con ella, se expandirá y formará una pasta. Entre ellos, la amilosa disuelta en agua tiene una forma curva y está enrollada en forma de espiral mediante enlaces de hidrógeno intramoleculares. En este momento se añade yodo y las moléculas de yodo penetran en los huecos de la hélice y se unen con la amilosa mediante fuerzas de Van der Waals para formar un complejo. Este complejo puede absorber de manera relativamente uniforme luz visible distinta de la luz azul (el rango de longitud de onda es de 400 a 750 nanómetros), convirtiendo así el almidón en azul oscuro.