En 1940, después de que la Unión Soviética y Alemania firmaran un pacto de no agresión, la Unión Soviética incluyó a los tres países bálticos en su territorio. Estonia se convirtió en una república de la antigua Unión Soviética. y la bandera original fue prohibida. 1940 El 21 de junio se iza la bandera de Estonia desde la Torre Hermann de Tallin, símbolo de Estonia. Al día siguiente, se izó una bandera roja. El 27 de julio, el tricolor desapareció por completo y se izó la bandera de la República Socialista Soviética de Estonia (estonio: Eesti NSV Lip). La bandera original tenía una hoz y un martillo en la esquina superior izquierda, con ENSV (la abreviatura de República de Estonia) escrita en fuente sans serif. En junio de 1941, Alemania rompió el tratado, lanzó un ataque contra la Unión Soviética y ocupó Estonia. El tricolor es la bandera de Estonia, pero no es la bandera nacional. Después de que las tropas alemanas se retiraron de Tallin en septiembre de 1944, se volvió a izar la bandera roja. A partir de 1953 se adoptó una segunda versión de la bandera. La segunda versión se inspiró en la bandera soviética, pero agregó una ola azul y blanca que simboliza el Mar Báltico debajo, lo que representa un tercio de la altura de la bandera. A diferencia de la bandera letona, tiene un patrón ondulado distintivo con una sexta parte de la base de la bandera roja debajo del patrón. En la parte superior hay patrones de estrella de cinco puntas, hoz y martillo. El tricolor sigue siendo ilegal. (1989-presente)
El 24 de febrero de 1989, la bandera tricolor obtuvo estatus legal y una vez más ondeó en la Torre Hermann de Tallin. El 7 de agosto de 1990 la tricolor fue nuevamente declarada bandera nacional. En 1991, Estonia obtuvo la independencia total.