En 1999, Lizarazu y Matthaus tuvieron una disputa en el equipo del Bayern de Múnich. En ese momento, Lizarazu incluso le dio una bofetada a Mateus. Quizás aquí es donde comienza la comprensión de muchos aficionados sobre la tradición de luchas internas del Bayern.
Justo después de este conflicto, el Bayern ganó tres partidos consecutivos en los siguientes tres partidos de la Bundesliga. Esa temporada, el Bayern acabó ganando la Bundesliga y la Copa de Alemania. Llegó a semifinales de la Liga de Campeones y fue eliminado por el Real Madrid.
En junio de 2002, era Rizarazu el que tenía mal genio y la otra parte en el conflicto era el entrenador del Bayern, Kovac. Lizarazu golpeó a Kovac en ese momento y Kovac se defendió. Pronto todo se convirtió en una guerra caótica, y el entrenador asistente Genk, que vino a detener la pelea, también se convirtió en una víctima.
Apenas tres semanas después de la batalla entre Lizarazu y Kovac, el central del Bayern Kufuor se enfrentó a su compañero Germes en el entrenamiento. El emocionado Kufuor golpeó a Jeremiah directamente, pero golpeó a su compañero de equipo Funk en la cara, provocando que los ojos de Funk se enrojecieran e hincharan. Posteriormente, Kufuor fue multado por el club y también pagó los gastos médicos de Fink.
Aquella temporada, el Bayern de Múnich fue eliminado temprano de la Liga de Campeones, pero tuvo un buen desempeño en la Bundesliga. Después de la feroz batalla entre Kufuor y Germes, el Bayern se mantuvo invicto en 12 partidos de la Bundesliga. Al final, esa temporada el Bayern ganó la Bundesliga y el doblete de la Copa de Alemania.
En abril de 2012, durante las semifinales de la Liga de Campeones contra el Real Madrid. Las dos estrellas icónicas del Bayern, Robben y Ribéry, se enfrentaron. Según se supo después, Robben y Ribéry tuvieron una acalorada discusión en el vestuario. El motivo de la disputa entre ambos equipos surgió de un tiro libre que recibió el Bayern en la primera parte. En ese momento, Ribéry quiso lanzar un penalti, pero Robben apartó a Ribéry. Cree que su compañero Kroos debería ser castigado.
En el vestuario, los dos se pelearon y Ribéry golpeó a Robben. La cara de Robben estaba roja e hinchada durante la entrevista posterior al partido. Al final, Ribéry fue multado. Pero Robben y Ribéry son buenos amigos y sus hijos suelen jugar juntos.
Este partido puede ser el único en el que el Bayern no ganó el campeonato. En la final de la Liga de Campeones de esta temporada, el Bayern de Múnich perdió ante el Chelsea en el Allianz Arena. También terminaron segundos en la Bundesliga, la Copa de Alemania y la Liga de Campeones, convirtiéndose en el rey de Sanya.