Las ondas cuadradas contienen una rica variedad de armónicos, incluidos los armónicos impares de la frecuencia fundamental de la onda cuadrada. En teoría, filtrar cualquier armónico cambiaría la forma de la onda cuadrada y la distorsionaría.
Cuanto mayor sea la frecuencia armónica, menor será la amplitud. Suponga que la frecuencia fundamental de la onda cuadrada es de 100 Hz, la frecuencia de su armónico 99 es de aproximadamente 10 kHz y la amplitud es 1/100 de la onda fundamental. Si la frecuencia del ruido está cerca de 10 kHz, o incluso menos de 10 kHz, y la amplitud es inferior a 1/100 de la frecuencia fundamental de la onda cuadrada, entonces, si se va a filtrar el ruido, la pérdida armónica efectiva de la onda cuadrada será mayor que la pérdida de ruido.
Cuando la frecuencia del desorden es mucho mayor que la frecuencia fundamental (al menos 100 veces), el impacto del desorden en la onda cuadrada puede ser menor. En este caso, se puede utilizar un filtro elíptico de paso bajo o un filtro de Chebyshev con la curva amplitud-frecuencia más rápida.
Dado que las ondas cuadradas son fáciles de generar, se recomienda utilizar un filtro de paso bajo RC pasivo de segundo orden con la forma de circuito más simple para filtrar ondas cuadradas y diversos ruidos de alta frecuencia. Luego se conecta un comparador de histéresis para regenerar una onda cuadrada relativamente pura con la misma frecuencia.