Algunos documentos de Dunhuang que se perdieron entre el pueblo chino fueron posteriormente revendidos por coleccionistas a coleccionistas japoneses, y algunos son propiedad de la Biblioteca Central Nacional de Nanjing, pero es difícil encontrar más. Los manuscritos de la colección de Wang fueron vendidos a los exploradores japoneses Yoshikawa Koichiro y Tachibana Suixo en 1911 y 1912 respectivamente. En 1914, el budista ruso Oldenburg excavó la cueva de escrituras budistas evacuada y obtuvo más de 10.000 reliquias culturales, que se conservaron en el Instituto de Estudios Orientales de la Academia de Ciencias de Rusia.
En los tiempos modernos, además de la división de las reliquias culturales en la Cueva de las Escrituras Budistas, los murales y estatuas de Dunhuang también han sufrido enormes pérdidas. La pintura mural, a veces incluso tomando sólo una pequeña parte de la imagen del mural, daña gravemente la integridad del mural. El rey también destruyó muchos de los murales para crear algunas cuevas. En 1922, las Grutas de Mogao encarcelaron a cientos de soldados zaristas rusos, quienes causaron muchos daños mientras llenaban la cueva de humo. En la década de 1940, cuando Zhang Daqian estaba pintando murales aquí, descubrió que algunos murales tenían dos capas, una interior y una exterior, por lo que quitó la capa exterior para mirar la capa interior. Posteriormente, la práctica se volvió controvertida y sigue siendo controvertida hasta el día de hoy.