En 1911, uno de los ayudantes de Morgan dibujó el primer mapa genético de genes ligados al sexo en Drosophila. Bajo los auspicios de Morgan, posteriormente se determinaron las ubicaciones de otros genes, lo que demostró que los genes estaban alineados. De esta forma, Morgan estableció con éxito la teoría genética.
En el Laboratorio de Drosophila de la Universidad de Columbia, Morgan es un anciano en quien sus asistentes confían profundamente y respetan. Dirigió el laboratorio de manera muy democrática, permitiendo que se aprovecharan plenamente los talentos de todos. Cada vez que alguien proponía una nueva idea, Morgan dejaba que todos la discutieran con tanta libertad que era difícil determinar a quién se le ocurrió la idea primero. Él es a la vez nuestro maestro y nuestro amigo. Cuando los fondos para la investigación se acabaron, Morgan no dudó en pagar los salarios de sus asistentes.
En 1924, Morgan dejó la Universidad de Columbia y fue a Caltech para estudiar biología. Bajo su presidencia, cuatro años después, fundó el Laboratorio de Ciencias Biológicas, que en ese momento era el único centro científico para el estudio de la genética en el mundo, con altos logros.
De 1927 a 1931, Morgan tuvo el honor de ser nombrado presidente de la Academia Estadounidense de Ciencias. En 1932 se celebró en Nueva York el Sexto Congreso Internacional de Genética, presidido por Morgan. De hecho, la conferencia se convirtió en un simposio sobre los logros académicos de Morgan. Al año siguiente ganó el Premio Nobel de Fisiología o Medicina. Pero el siempre modesto Morgan compartió las ganancias con sus asistentes y les pidió que pagaran la educación de sus hijos. Porque siempre creyó que todos sus logros eran inseparables del apoyo y ayuda de sus asistentes.
Además de la teoría genética, Morgan también nos dejó uno de sus métodos experimentales, que es el análisis cuantitativo. Fue la primera persona en aplicar este método para resolver problemas biológicos. También hizo que la genética se desarrollara rápidamente, sentando así las bases de la ingeniería genética, una disciplina moderna emergente.