Xinjiang tiene 5 prefecturas autónomas: la prefectura autónoma kirguisa de Kizilsu, la prefectura autónoma hui de Changji, la prefectura autónoma mongol de Bortala, la prefectura autónoma mongol de Bayingolin y la prefectura autónoma kazaja de Ili.
1. La Prefectura Autónoma Kirguisa de Kizilsu, conocida como "Kizilsu", es una prefectura autónoma ubicada en la Región Autónoma Uigur de Xinjiang de China. Se encuentra en el suroeste de la Región Autónoma Uygur de Xinjiang, abarcando el suroeste de las montañas Tianshan, la meseta oriental de Pamir, la vertiente norte de las montañas Kunlun y el borde noroeste de la cuenca del Tarim. Las partes norte y oeste de Kirguistán limitan con Kirguistán y Tayikistán, con una frontera de 1.195 kilómetros. Está conectado con la región de Aksu al este y con la región de Kashgar al sur. La distancia de este a oeste de Kezhou es de unos 500 kilómetros, la anchura de norte a sur es de unos 140 kilómetros y la superficie total es de 72.500 kilómetros cuadrados.
2. La Prefectura Autónoma de Changji Hui, conocida como "Prefectura de Changji", es una prefectura autónoma bajo la jurisdicción de la Región Autónoma Uygur de Xinjiang de China, con su capital ubicada en la ciudad de Changji. La prefectura está situada al pie norte de las montañas Tianshan y en el borde sureste de la cuenca de Junggar. El terreno disminuye gradualmente de sur a norte. Pertenece a la zona templada media y tiene un clima árido continental típico. La prefectura de Changji tiene una superficie total de 73.900 kilómetros cuadrados y gobierna 2 ciudades a nivel de condado, 4 condados y 1 condado autónomo.
3. La Prefectura Autónoma Mongol de Bortala, conocida como "Bozhou", está afiliada a la Región Autónoma Uigur de Xinjiang en China. Bortala significa "pradera plateada" en mongol. La prefectura está situada en el extremo noroeste de la Región Autónoma Uygur de Xinjiang, en el interior del continente euroasiático, rodeada de montañas en tres lados y tiene un clima árido continental templado en el norte. Bozhou tiene una superficie total de 27.200 kilómetros cuadrados y gobierna 2 ciudades a nivel de condado y 2 condados.
4. La prefectura autónoma mongola de Bayinguoleng, conocida como "Bazhou", está afiliada a la región autónoma uygur de Xinjiang en China. Se encuentra en el sureste de la Región Autónoma Uygur de Xinjiang. Incluye tipos de relieve como montañas, cuencas, ríos, lagos, Gobi, desiertos y oasis llanos, y tiene un clima continental templado medio y templado cálido. Bazhou tiene una superficie total de 471.500 kilómetros cuadrados y gobierna 1 ciudad a nivel de condado, 7 condados y 1 condado autónomo. A finales de 2022, la población permanente de la prefectura autónoma de Mongolia de Bayingolin (excluida la ciudad de Tiemenguan) es de 1,498,5 millones. La prefectura autónoma de Mongolia de Bayinguoleng tiene una larga historia y una historia de desarrollo de miles de años.
5. La Prefectura Autónoma Kazajstán de Ili es una prefectura autónoma (nivel subprovincial) bajo la jurisdicción de la Región Autónoma Uygur de Xinjiang en China. Se encuentra al oeste de la Región Autónoma Uygur de Xinjiang, en el valle del río Ili, al norte de las montañas Tianshan. La zona tiene un clima continental templado y un clima alpino. Es la única prefectura autónoma del país que gobierna ambas regiones y condados. La prefectura autónoma kazaja de Ili gobierna 11 regiones administrativas a nivel de condado (a nivel de prefectura), con una superficie total de 268.593 kilómetros cuadrados.